A fim de qualificar as analises e direcionar as ações do Conselho Gestor APA Várzeas do Rio Tietê, as atividades foram subdivididas em Grupos de Trabalho, definidos de acordo com as áreas de atuação.
Atualmente existem quatro Grupos de Trabalho (GTs) aos quais são:
GT Licenciamento e Empreendimento.
Grupo que possui como principal atribuição o desenvolvimento das analises referentes aos empreendimentos realizados no Estado de São Paulo que possuem significativo impacto sobre as Várzeas do Rio Tietê e são encaminhados para analise e consulta do conselho.
Coordenador: Marcelo Mana, representante da Prefeitura de Mogi das Cruzes.
GT Monitoramento e Recuperação Ambiental.
Grupo que possui como atribuição principal o acompanhamento dos projetos do Conselho Gestor e dos empreendimentos analisados pelo Grupo empreendimento a fim de garantir o cumprimento a efetivação das deliberações e pareceres emitidos pelo Conselho gestor junto aos empreendimentos e projetos visando a qualidade das ações.
Coordenadora: Ligia Muniz, representante do CBRN (SMA/Governo do Estado de São Paulo).
GT Comunicação Socioambiental.
Grupo que possui a atribuição de divulgar as atividades do Conselho Gestor, bem como as demais ações realizadas no municipio que permeiam o tema Area de Proteção Ambiental, Unidades de Conservação e Uso Sustentavel, seja por meio de organizações e realizações de eventos, divulgação nas midias e/ou atuando e participando junto aos demais eventos ambientais pertinentes.
Coordenadora: Débora Diogo, representante da Prefeitura Municipal de São Paulo.
GT Plano de Manejo.
Grupo cujo atribuito principal é a coordenação, avaliação, acompanhamento, realização e efetivação do Plano de Manejo das Areas de Proteção Ambiental das Varzeas do Rio Tietê.
Coordenadora: Solange Duarte, representante da Prefeitura Municipal de Guarulhos.